“通元疗法”治疗疾病的基本原则是辩证求因、审因论治，该疗法明于䃼泻、以神元为本，强调针灸理、法、方、穴、术环环相扣，充分发挥经络治疗优势和经穴治疗效应。“通元疗法”以任督二脉为总纲，以调节阴阳为大法，以督脉及脑部穴位和五脏背腧穴通督调神合任脉及腹部关元、气海天枢、归来引气归原为主穴，四肢五腧穴辨证配穴为辅，形成新的针灸原则和取穴处方治疗体系，该法以脏腑神气为治疗中心，任督二脉为调节全身阴阳的关键环节，蕴含赖氏扶正祛邪，通调元真，补泻有度，治病求本的独特学术思想，所组成的各类针灸处方法度严谨，化裁有序，极大地扩大了针灸适应症，涉及内科、妇科、儿科，骨伤科等近百种疾病，且疗效卓著。赖新生“通元疗法”擅长针药结合治疗哮喘、荨麻疹等过敏性疾病、不孕不育、内分比失调、脑卒中后遗症、老年期痴呆、血管性痴呆、帕金森氏病、癫痫及脑外伤后遗症等疾病。